Come identificare le sementi conservate nelle banche

da Valeria Grazian | Feb 1, 2023 | Articoli, Seminare il cambiamento

L’importanza dei DOI

di Marco Marsella – Segretariato Trattato

Le banche di germoplasma assegnano da sempre a ciascun’accessione della loro collezione un identificatore locale chiamato Numero di Accessione. Con il diffondersi degli scambi dei materiali genetici vegetali, è emersa l’esigenza di identificare un materiale globalmente e non solo nell’ambito della corrispondente collezione. 

Inoltre, la maggior parte del materiale scambiato a livello internazionale forma parte dei programmi di miglioramento vegetale, che usano ancora altri codici d’identificazione. Per facilitare la circolazione delle informazioni ed evitare errori, il Segretariato del Trattato ha avviato una consultazione globale il cui risultato è stata l’adozione dei Digital Object Identifiers (DOI) come identificatore universale delle risorse genetiche vegetali. Il Sistema Informativo Globale (GLIS) del Trattato è stato progettato attorno ai DOI ed alle loro proprietà.

Un DOI è composto essenzialmente da tre parti:

• i caratteri “10.” che identificano il sistema DOI all’interno di un sistema di identificatori ancora più grande (Handle System). Tutti i DOI iniziano con “10.”;

• una sequenza di caratteri che identifica univocamente il sistema che ha assegnato il DOI seguita da uno slash come separatore. Nel caso di GLIS, questa sequenza è “18730”;

• una sequenza di caratteri assegnata dal sistema identificato dalla sequenza precedente. Il sistema garantisce che tale sequenza è unica al suo interno. La combinazione di parti, ciascuna univoca, produce un identificatore unico globalmente.

Un esempio di DOI assegnato da GLIS è quindi 10.18730/Z1WEM. I DOI assegnati da GLIS sono registrati dall’International DOI Foundation che gestisce il Sistema Globale DOI, decine di server sparsi nel mondo che rappresentano l’asse portante del sistema. In questo modo, oltre a facilitare la ricerca in tutto il mondo dei DOI assegnati da GLIS, si ottiene un’ulteriore verifica della loro unicità. Il Sistema Globale DOI gestisce oltre 200 milioni identificatori ed ogni anno ne vengono aggiunti circa il 16%.

Quando un utente registra un materiale su GLIS, fornendo una serie di informazioni sul materiale stesso, riceve un DOI generato dal sistema che viene associato indissolubilmente a quello specifico materiale. L’assegnazione dei DOI è gratuita e l’unico obbligo che viene richiesto al registrante è proprio di non assegnare in nessun caso il DOI ricevuto ad un materiale diverso da quello originale. Qualora il materiale dovesse risultare non più disponibile, le informazioni associate al DOI potranno essere aggiornate riportando questo fatto, ma il DOI non potrà essere mai eliminato. La ragione di questa indistruttibilità dei DOI è che il materiale non più disponibile potrebbe essere stato oggetto di studi scientifici o magari interessato ad attività di sviluppo che hanno prodotto nuovi materiali derivati da esso. In entrambi i case, è importante poter accedere alle eventuali pubblicazioni o set di dati corrispondenti associati al DOI del materiale.

Una delle informazioni che possono essere fornite quando si registra un DOI è l’indicazione dei DOI dei materiali da cui il materiale in questione è stato ottenuto. Per esempio, se si incrociano due materiali per ottenere una nuova varietà, è possibile indicare i DOI dei “genitori”. In questo modo, GLIS è in grado di “connettere” i DOI in un diagramma che indica come un materiale è stato ottenuto (da quali materiali ed in che modo) ed a quali altri materiali ha dato origine. Un esempio è riportato nella figura.

I cerchi rappresentano i materiali e le frecce indicano il materiale da cui essi sono stati ottenuti. Le etichette sulle frecce indicano che operazione è stata effettuata per ottenere il materiale. Nel caso di FG25, esso è stato ottenuto con una qualche modifica genetica dal G12873. D’altro canto, G12873A è stato derivato da G12873, per esempio con un processo di selezione.

Esistono casi di sistemi analoghi che gestiscono la genealogia dei materiali, per esempio per il riso, ma GLIS è attualmente l’unico sistema a livello globale che offre questa funzionalità per ogni materiale e a prescindere da chi lo conserva.

Questa possibilità di “collegare” dei DOI tra loro torna utile, per esempio quando una pubblicazione cita uno specifico materiale. Esistono dei servizi che raccolgono queste citazioni: GLIS usa uno di questi servizi per ottenere, in modo automatico, la lista delle pubblicazioni e dei set di dati che fanno riferimento ad un certo DOI e presentarla in fondo alla pagina come mostrato qui sotto.

La lista in basso riporta le pubblicazioni ed i set di dati associati a 10.18730/9KYC, il DOI che identifica un’accessione di patata conservata dall’International Potato Center in Peru. La lista al centro della pagina mostra invece i collegamenti (link) a siti web esterni che offrono informazioni di passaporto e di caratterizzazione, a seconda di quanto indicato nella colonna Keywords.

In GLIS è possibile cercare un materiale semplicemente digitando il DOI nell’apposita scheda di ricerca (questa operazione si chiama risoluzione del DOI o resolution). Alternativamente, se non si conosce il DOI, è possibile inserire uno o più dei suoi attributi, per esempio il genere ed il paese di provenienza, ed ottenere la lista dei DOI corrispondenti (scoperta o discovery).